Qué hace el comando de substracción de fondo? Elimina fondos continuos suaves de geles y otras imágenes. Basado en el algoritmo de bolas de balanceo descrito en el artículo de Stanley Sternberg039s, Biomedical Image Processing, IEEE Computer, enero de 1983. Imagine una superficie 3D con los valores de píxel de la imagen que es la altura, luego una bola que rueda sobre el lado posterior de la superficie crea el fondo. El algoritmo actual (desde la versión 1.39f) utiliza una aproximación de un paraboloide de rotación en lugar de una bola. El radio de bolas rodantes es el radio de curvatura del paraboloide. Como regla general, para imágenes de 8 bits o RGB debe ser al menos tan grande como el radio del objeto más grande de la imagen que no forma parte del fondo. Los valores mayores también funcionarán a menos que el fondo de la imagen sea demasiado irregular. Para imágenes con valores de píxeles que tienen un rango muy diferente, tenga en cuenta que el radio debe ser inversamente proporcional al rango de valores de píxeles. P. ej. Los valores típicos del radio son alrededor de 0,2 a 5 para las imágenes de 16 bits (valores de píxeles 065535). La opción Fondo claro permite el procesamiento de imágenes con fondo brillante y objetos oscuros. Con la opción Crear fondo, la salida no es la imagen con el fondo restado, sino el fondo en sí. Esta opción es útil para examinar el fondo creado (junto con la opción Vista previa). Create Background también se puede usar para algoritmos de sustracción de fondo personalizados donde la imagen se duplica y filtra (por ejemplo, quitando agujeros en el fondo) antes de crear el fondo y finalmente restarlo con Process gt Image Calculator. Para calcular el fondo (rodar la pelota), las imágenes se suavizan normalmente para reducir el ruido (promedio sobre 3 veces 3 píxeles). Con Desactivar Suavizado. Los datos de imagen no modificados se utilizan para crear el fondo. Marque esta opción para asegurarse de que los datos de la imagen después de la substracción nunca estarán por debajo del fondo. Gui / process / subtractbackground. txt middot Última modificación: 2010/01/26 11:07 (edición externa) Funciones Z Generalmente, una serie z es difícil de representar como una imagen en 2D con fines de publicación. Un montaje permitirá que el conjunto de datos 3-D se visualice en 2-D, pero los resultados en cada marco es muy pequeño. Hay varias formas de aplanar la pila 3D. Intensidad máxima Z-proyección Z Project es un método de análisis de una pila mediante la aplicación de diferentes métodos de proyección a los píxeles dentro de la pila. Este proceso se puede usar para resaltar datos específicos de la pila y se accede usando Image / Stacks / Z Project Cuando Z Project se abre, solicita una sección de inicio y parada, la cual determinará el rango de la pila que se incluirá en la pila. Z proyección. El valor por defecto para estos valores es el extremo de las rebanadas de la pila. Hay seis diferentes tipos de proyección para elegir: intensidad media, intensidad máxima, intensidad mínima, rebanadas de suma, desviación estándar y mediana. El tipo de proyección adecuado variará dependiendo del tipo de datos que se representan. Como se ve a continuación, aplicando una transformada z a una pila de MRI usando diferentes métodos de proyección, los resultados pueden ser muy diferentes. En el caso de la pila de MRI, la intensidad máxima es un método preferible para ver el renderizado de la cabeza externa, mientras que otros métodos de proyección pueden ser utilizados para examinar los componentes internos del cerebro. Estos métodos restantes también tienen sus características distintivas, como se ve por la proyección mediana que da la representación más clara con el trade-off de menos de filtrar más de la imagen en la proyección. Los seis métodos de proyección en el sentido de las agujas del reloj desde arriba a la izquierda: intensidad media, intensidad máxima, intensidad mínima, mediana, desviación estándar y cortes de suma. Proyector Grouped Z La herramienta Grouped Z Project (Image / Stacks / Tools / Grouped Z Project.) Funciona de forma similar a Z Project en términos de métodos de proyección. Este complemento utiliza el método de proyección máximo de intensidad, intensidad media o suma para aplicar una proyección z a una pila de imágenes. A diferencia del proyecto Z estándar, este complemento solicita un tamaño de grupo que debe ser un factor del número total de sectores de la pila. A continuación, el complemento aplicará el método de proyección seleccionado a subgrupos con este número de segmentos, comenzando con la primera rebanada. El resultado de ejecutar este complemento es una nueva pila donde cada segmento es una proyección de un subconjunto de la pila original. Este es un complemento útil para analizar grandes pilas donde el cambio de rebanada a rebanada sigue siendo relevante, pero no todas las rebanadas necesitan ser examinadas individualmente. Si el tamaño del grupo se establece igual al número de sectores de la pila, el Proyecto de grupo Z evaluará la pila de la misma manera que Z Project. Agrupado Z Proyecto aplicado a dos mitades de una pila, resultando en los dos cortes mostrados. Sobel Filter Based Focusing El complemento Stack Focuser utiliza un filtro de borde Sobel para calcular el mejor enfoque. Intente 3 para el valor del kernel en la primera instancia. El resultado es un mapa de altura que muestra las imágenes enfocadas. Este complemento sólo funciona en imágenes de 8 o 16 bits. Puede resultar en una imagen pixelly. Resultado del complemento Stack Focuser con 3 como valor del kernel. Enfoque Basado en la Ondaletting Autores: Daniel Sage, Jesse Berent, Brigitte Forster, Dimitri Van De Ville, Grupo de Imagen Biomédica, Instituto Federal Suizo de Tecnología Lausana (EPFL), Suiza, www. epfl. ch/demo/edf/index. Este es un algoritmo superior, pero más lento, en comparación con el enfoque Sobel-filtro. El complemento de profundidad de campo extendida utiliza una transformación wavelet (una transformación más sofisticada en comparación con la transformada de Fourier) para calcular el mejor enfoque. Ejecute el complemento y seleccione Mostrar vista 3D. Este complemento funcionará con imágenes RGB. Una descripción más detallada de la transformada wavelet ampliado de profundidad de campo plugin se puede encontrar en el sitio web de los autores. También se genera una imagen de la topología. Por favor cite los trabajos de los autores abajo si usted publica el trabajo usando este plugin. Para más información ver los siguientes documentos: B. Forster, D. Van De Ville, J. Berent, D. Sage, M. Unser. Profundidad de enfoque ampliada para imágenes de microscopía multicanal: un complejo abordaje Wavelet Procedimientos del segundo simposio internacional IEEE 2004 sobre imágenes biomédicas: de Nano a Macro (ISBI04), Arlington VA, EE. UU., 15-18 de abril de 2004, en prensa. J. Berent, B. Forster, D. Van De Ville, D. Sage, M. Unser, Profundidad de enfoque ampliada para imágenes en color en microscopía de campo claro Procedimientos del Congreso de Otoño de la Sociedad Suiza de Farmacología y Toxicología, 27-28 de octubre de 2003, Basilea, Suiza. Un método para preservar cierta información z en una imagen 2D es codificar en profundidad la pila. Se puede colorear una imagen 3D monocromática para que el color represente la profundidad z. Cualquier proyección posterior conservará esta codificación z. Una pila de 8 bits se puede codificar en profundidad con el comando de menú Image / Hyperstacks / Temporal-Color Code. Desde allí podrás elegir una LUT, así como las rodajas de inicio y fin de la pila. Otra opción es utilizar el plugin Z Code Stack para los resultados que se muestran a continuación. Proyecciones de Intensidad Máxima de cada uno: Proyecto 3D (Imagen / Pilas / Proyecto 3D) crea un renderizado 3D desde una pila y rota el objeto resultante a través de una gama de ángulos. Al utilizar este complemento, se le pedirá una variedad de especificaciones iniciales. Basándose en estos valores, el programa generará una pila que representa una rotación de 360 grados de la proyección 3D. Hay tres métodos de proyección disponibles: punto más cercano, punto más brillante y valor medio. El indicador se ve al ejecutar el proyecto 3D. El complemento de proyecto 3D le pedirá el intervalo de corte entre las rebanadas. Dependiendo de las propiedades de la imagen, esto podría referirse a una medida particular entre los cortes, como milímetros, o predeterminado al número de píxeles si no se especifica un sistema de medición. Basándose en la selección del intervalo de corte, puede influir en la forma general del renderizado 3D estirando o comprimiendo la imagen en la dirección z. La selección del ángulo inicial corresponde a la orientación inicial del volumen mientras que la rotación total determinará qué vistas del volumen se renderizan, así como el número de rebanadas en la pila final. También influye el número de rebanadas incluidas en el incremento del ángulo de rotación, que determina la cantidad de rotación del volumen entre dos rebanadas consecutivas. La herramienta de interpolación es relevante para las imágenes en las que el espaciado entre los sectores es superior a 1,0 píxeles. En este caso, la interpolación utiliza z-scaling para eliminar los vacíos para el render 3D final. Si el espaciado de la división es menor que 1.0 píxeles, la opción será ignorada. También se pueden especificar las señales de opacidad, transparencia y profundidad. A la izquierda, una imagen con indicaciones de profundidad de superficie a 100 y las indicaciones de profundidad interior a 50. La imagen de la derecha tiene indicaciones de profundidad de superficie a 100 y las indicaciones de profundidad interior a 50. Pruebe estos ajustes iniciales: Método de proyección: Use el método de punto más brillante. Slice Spacing: Esto determina la relación de aspecto de la pila. Las pilas Biorad están internamente calibradas y este valor debe ser correcto a menos que establezca el objetivo incorrecto en el software Biorad durante la adquisición. Interpolar: Utilizado cuando el espaciado de la sección gt 0. Marque esta opción aunque ralentizará el procesador. Para un conjunto de datos grande, puede valer la pena tener esto desactivado inicialmente mientras está seleccionando la configuración. El Visor de volúmenes (en el menú de complementos) proporciona representación 3D de una pila, así como cortes de los planos XY, YZ y XZ. Volume Viewer también ofrece métodos de interpolación y visualización más detallados que algunas de las otras técnicas de representación 3D. Los diferentes modos de visualización contienen muchas opciones con las que puede ver el renderizado: Slice, Slice amp Borders, Proyección máxima, Proyección y Volumen. Modos de visualización de izquierda a derecha: rebanada, bordes de amplitud de corte, proyección máxima, proyección, volumen. Para todos los modos de visualización, la posición se puede actualizar manualmente manteniendo pulsada la tecla Mayús y moviendo la imagen visualizada con el ratón. La orientación también se puede actualizar ajustando los valores de rotación en la parte inferior de Volume Viewer: estos valores representan el grado de rotación a lo largo de cada eje y se pueden cambiar para proporcionar una orientación más concisa. Al utilizar el ratón para girar el objeto, estos valores se actualizan automáticamente. Los planos XY, YZ o XZ también se pueden ver en cualquier momento usando los botones en la parte inferior del visor. Más allá de los modos de visualización, la imagen también se puede analizar de diferentes maneras a través de la selección de un método de interpolación. Estos son de especial importancia para los modos Slice, Slice amp Borders y Volume. Los métodos disponibles son Vecino más cercano, Trilinear, Tricubic Smooth, y Tricubic Sharp. Métodos de interpolación en sentido horario desde arriba a la izquierda: vecino más cercano, trilineal, tricúbico agudo, tricúbico liso. El z-Aspect se puede usar para estirar o comprimir datos a lo largo del eje Z mientras que las dimensiones de los ejes X e Y permanecen sin cambios. El valor de muestreo se puede usar para controlar cuántas muestras se utilizan para mezclar los valores de representación. Típicamente, valores de muestreo más altos resultarán en resultados de mejor calidad, aunque el compromiso es un tiempo de procesamiento ligeramente más lento. Este complemento se encuentra en la carpeta de complementos. El Visor 3D utiliza una pila de imágenes para visualizarla en el espacio 3D como un volumen, una superficie o orthoslices. Cuando se ejecute el plugin, tendrá la opción de elegir un nombre para la nueva imagen, así como el método de visualización: volumen, orthoslice, superficie, trama de superficie 2D, o multiorthoslices. También se pueden seleccionar color, umbral, factor de muestreo, canales y punto de tiempo de inicio. El punto de inicio se utiliza cuando se inserta la representación en una película: la representación estará presente a partir del punto de tiempo especificado. En este punto de tiempo, la modificación de la imagen es posible dentro del visor. Muchas de estas variables pueden ser actualizadas en el visor una vez que se ha generado el renderizado. La ventana que se ve cuando se abre el visor 3D. Para utilizar el visor 3D, se requiere una imagen de 8 bits o RGB. Si se utiliza en otro tipo de pila, el complemento tendrá un indicador para que elija convertir a estos tipos. El modo de visualización actual se puede cambiar haciendo clic en Editar / Mostrar como. Esto le permitirá elegir entre Volumen, Orthoslice, Multi-orthoslice, Surface y Surface Plot 2D. Cuando utilice el modo Orthoslice, puede hacer clic con el botón derecho en el visor y seleccionar Adjust Slices para actualizar la colocación de las coordenadas x, yy z. También puede presionar las teclas X. Y. o Z en combinación con las teclas de flecha para mover las rebanadas. Ejemplo del tipo de volumen visto en el visor 3D. El menú Edición ofrece algunas opciones más para cambiar el color y la transparencia del renderizado. Editar / Cambiar color se puede utilizar para editar el color de la representación, incluyendo una opción para aplicar a todos los puntos de tiempo. Edición / Cambio La transparencia se puede utilizar para una manera sencilla de editar la transparencia para todos los tipos de pantallas. Editar / Cambiar Canales proporciona la opción para seleccionar o deseleccionar cualquier combinación de los canales rojo, verde y azul. El umbral de edición / ajuste se puede utilizar para las opciones de visualización de volumen y de superficie. Editar / Transformación / Set Transform puede dar más control sobre la colocación de la representación especificando el origen de rotación y el eje de rotación. También puede utilizar la matriz 3x4 en Set Transform para especificar los ejes x, yy z del sistema de coordenadas transformado en las tres primeras columnas y el vector del origen antiguo al nuevo origen en la cuarta columna. Otros Métodos de Procesamiento de Volumen Los métodos de reconstrucción 3D en los que el objeto aparecerá semitransparentes incluyen el proyecto 360 3D y el proyecto Rocking 3D. 360 3D-proyecto produce una pila con una rotación 360 de la transformada z. Los resultados se verán similares a los generados con el plugin del proyector Grouped Z. Si desea que la pila se balancee hacia adelante y hacia atrás, utilice la macro Rocking 3D-project. VolumeJ es un método de reconstrucción 3D en el que la superficie del objeto aparecerá opaca, dando un aspecto más sólido al objeto. Nota: la opción de renderizado interactivo de VolumeJs no funciona actualmente. Otros modos deberían funcionar. Seleccione la pila de volúmenes para procesar. Seleccione el clasificador (es decir, el algoritmo de representación). Seleccione Gradiente sin índice para las pilas de escala de grises. Seleccione Índice rampa para pilas RGB. Establezca el umbral del clasificador como la intensidad de la superficie del objeto. Esto se puede determinar usando el comando Image / Adjust / Threshold. Establezca la desviación del clasificador. Los valores bajos tienden a resultar en bordes más agudos, mientras que los valores más altos pueden estar desenfocados. Un buen compromiso es 1-2. Ajuste el ángulo de rotación (intente -20 en la primera caja para girar ligeramente el volumen hacia atrás). Asegúrese de que la relación de aspecto es correcta: VolumeJ debe captar la calibración espacial de la pila si está presente. Establezca la escala como 0.5 para renderizaciones preliminares más rápidas. Establezca en 1 o 2 para la representación final. Haga clic en el botón Render para iniciar el procesamiento. Haga clic en Detener procesador si ha cometido un error. Esto genera una vista lateral de una pila a lo largo de una línea definida por el usuario. Seleccione la parte de una pila para seccionarla axialmente utilizando la herramienta ROI de línea de la barra de herramientas. Seleccione el elemento de menú Imagen / Apilar / Reslice después de dibujar una línea recta o rectángulo en una pila abierta. La pila se extiende a lo largo de un eje vertical. A partir de este punto, puede generar una nueva pila reconstruyendo los cortes a lo largo de la selección. Si dibujó una línea, la nueva pila será del ángulo de esta nueva línea, como si cortara a través de la pila. Youll también ser capaz de especificar el número de rodajas para incluir en la pila y el espaciado entre las rodajas. Puesto que se especificarán ambos valores, depende de usted determinar cuántas secciones se necesitan para representar la región de interés en una subpista. Si dibujaste un rectángulo sobre la pila inicial, no podrás especificar el número de rebanadas, aunque puedes controlar el espaciado. La aplicación creará entonces una nueva pila que represente la región de interés elegida con el rectángulo. El complemento Dynamic Reslice se utiliza de la misma manera que Image / Stacks / Reslice. Este complemento actualizará dinámicamente la división generada cuando se cambie el ROI en la imagen original. Un método sencillo para visualizar representaciones en 3D es a través de vistas ortogonales, a las que se accede a través de Imagen / Pilas / Vistas Ortogonales. Este método se puede utilizar con una pila para mostrar los planos XZ y YZ en un punto dado de la imagen 3D. Cuando las vistas ortogonales se abren, las ventanas que contienen los dos planos se acoplarán junto a la pila original, con la intersección de las líneas amarillas en la pila que indica el punto de la pila que se está analizando. Las vistas de los planos XZ y YZ se actualizarán automáticamente, ya que la pila se establecerá en una rebanada diferente o las líneas se ajustarán manualmente en cualquiera de las tres ventanas. Ejemplo de imagen vista con vistas ortogonales. Stack Slicer Este complemento es una alternativa a la opción de vistas ortogonales. Después de hacer una selección de puntos en la pila original, puede ejecutar el complemento para generar imágenes de los planos XZ y YZ que se intersectan con este punto. Al seleccionar la opción YZ de rotación, la imagen del plano YZ girará 90 grados hacia la izquierda. Al ejecutar el plugin, es posible ajustar la relación de aspecto de los tres ejes. Inicialmente se supone que la pila contiene voxeles cúbicos o una relación 1: 1: 1. Estos números pueden modificarse para cambiar las dimensiones de las imágenes del plano XZ y YZ. La separación entre los planos Z también se puede actualizar a partir de su valor inicial de 1 píxel. Pares estereoscópicos y anaglifos Para crear un anaglifo de dos imágenes, puede usar el complemento Anaglyph de dos tomas. Este plugin se puede utilizar con dos imágenes RGB Color de las mismas dimensiones para hacer una imagen estéreo. Anaglifos rendidos por volumen Este plugin puede usar su pila para crear un par estéreo lado a lado, un anaglifo rojo-cian, un anaglifo rojo-verde o una película de rotación basada en las especificaciones del usuario. El plugin le permitirá especificar cuál de las proyecciones de pares estéreo que desea, así como el ángulo de rotación entre los pares. Los valores típicos son 6-9. Anaglifo rojo-verde a la izquierda, anaglifo rojo-cian a la derecha. Anaglifos renderizados en superficie Los pares estereofónicos de superficie para una pila se hacen simplemente con el botón de par estéreo de VolumeJs. Esto genera un par estéreo con una diferencia de 5. Estas dos imágenes se pueden combinar para formar un anaglifio utilizando el comando de menú Color de Imagen / Color / Merge o el complemento Color merge. El ojo izquierdo necesita ser rojo el ojo derecho verde o cian. Las películas anaglyph rendidas de la superficie se pueden construir usando VolumeJ siguiendo un acercamiento de Harvey Karten y Joel Sheffield. Superficie renderiza tu serie z con un incremento de marco Cine de 6-9. Duplicar la película renderizada en superficie. Elimina la parte superior de la película original. Elimina el último segmento de la película duplicada. Combine las pilas con el comando de menú Imagen / Color / RGB. Asigne la pila duplicada como rojo y la pila original como verde. Para los anaglifos Rojo-Verdes, póngalo azul para que no tenga ninguno. Para los anaglifos rojo-cian, establezca el canal azul para que sea el mismo que el green. Part 6Determine la velocidad de la tormenta y el tamaño con ImageJ Paso 1 Descargar la pila ImageJ para el huracán Ivan Use una combinación de Control-Click (Mac) o haga clic derecho (PC) ) En el vínculo Ivan Stack a continuación para guardar el archivo en su computadora. Guárdelo en un lugar conveniente, como su carpeta de descargas o su escritorio. Este archivo es una pila preparada del huracán Ivan que se mueve a través del golfo de México y que hace la tierra en la bahía móvil (septiembre, 2004). En este ejemplo se va a calcular la velocidad de un huracán. Este ojo de huracán es claramente visible y por lo tanto fácil de rastrear. Una vez que esté familiarizado con los procedimientos introducidos en esta Parte, puede aplicarlos a cualquier formación de tormenta o nube que pueda seguir claramente en una animación. Paso 2 Abra el huracán Ivan Stack en ImageJ Volver a ImageJ, elija Archivo gt Open. Vaya a donde almacenó el archivo ivanstack. v2.tif. Y abrirlo. Utilice la barra de control de animación para animar la pila de 7 divisiones o use las teclas mayores que (gt) y menos de (lt) en su teclado para desplazarse por la pila un cuadro a la vez. Otra forma de animar la pila es utilizar Image gt Stacks gt Herramientas gt Start Animation. Nota: Imagen gt Pila gt Herramientas gt Detener animación. Para la animación. Paso 3 Establecer la escala para la pila Utilice la herramienta Selecciones de línea recta en la barra de herramientas ImageJ para dibujar una línea a lo largo de una distancia conocida en la imagen. En este ejemplo, use la anchura este-oeste del estado de Nuevo México, que es una distancia de 552 km. En la opción Analizar de la barra de menú ImageJ, seleccione Establecer escala. En la ventana que se abre, escriba 552 para Distancia conocida y Km para Unidad de longitud. A continuación, haga clic en Aceptar. Seleccione la herramienta Selecciones de línea recta en la barra de herramientas ImageJ. Dibuje una línea a través de la dimensión este-oeste de Nuevo México. Dado que esta línea se utilizará para establecer la escala en ImageJ, sea lo más preciso posible al iniciar y terminar la línea en los bordes del estado. En la barra de menú ImageJ, abra el menú Análisis y seleccione Establecer escala. En la ventana que se abre, escriba 552 para Distancia conocida y Km para Unidad de longitud. A continuación, haga clic en Aceptar. Paso 4 Utilice ImageJ para crear una línea de pista de tormenta Asegúrese de que la barra de animación está situada en el borde izquierdo de la pila para que se muestre la primera sección. Haga clic con el botón derecho del ratón (PC) o haga clic con control (Mac) en la herramienta Línea en la barra de herramientas ImageJ y seleccione la opción Líneas segmentadas. Coloque el cursor sobre el ojo del huracán y haga un solo clic para establecer el inicio de la línea segmentada. Avance la pila a la rebanada 2 usando el mayor que la llave (gt) en su teclado, y haga un solo tecleo en el ojo nuevamente posicionado del huracán para avanzar la línea segmentada. Continúa avanzando a la siguiente porción usando la tecla mayor que y haciendo un solo clic en el ojo del huracán, hasta llegar a la porción 7, donde necesitas hacer un doble clic en el ojo del huracán para terminar la línea segmentada . Una vez completada la línea segmentada, evite hacer clic en cualquier parte de la imagen porque al hacerlo borrará la línea de pista que acaba de crear. Cuando termine, su pista debe ser similar a la de la derecha. Deslice la barra de animación hacia adelante y hacia atrás para ver el ojo del huracán moverse a lo largo de la línea de la pista. Nota: Si cada imagen GOES disponible (normalmente 30 minutos de diferencia) se había insertado en la pila de Huracán Ivan, la animación tendría 96 cortes para mostrar el intervalo de tiempo de 48 horas. Las 7 rebanadas que se utilizaron aquí le permitieron detectar el movimiento y medir distancias. Es posible que desee experimentar un poco para descubrir el intervalo de tiempo que hace una animación eficaz, mientras que no requiere un número enorme de rebanadas. Importante: Observe la marca de tiempo, en tiempo Zulú, en la esquina superior izquierda de cada segmento de la pila. La mayoría de las rebanadas se separan 6 horas, con dos saltos de 12 horas cuando las imágenes no estaban disponibles. Paso 5 Medir la distancia y calcular la velocidad media de los huracanes Selección de velocidad Analizar gt Medir. En la ventana que se abre, verá la longitud de cualquier línea recta o segmentada que se ha dibujado en la imagen. Recuerde que usted fija las unidades de medida en kilómetros. La longitud de la pista de tormenta de 48 horas del huracán Ivan, como aparece en esta animación, es de aproximadamente 1044 km. En la ventana que se abre, puede ver la longitud de cualquier línea recta o segmentada que se encuentra en la imagen. Recuerde que usted fija las unidades en kilómetros. La longitud de la pista de tormenta de 48 horas del huracán Ivan, como aparece en esta animación, es de aproximadamente 1044 km. Considere las siguientes preguntas: Cuál es la fórmula que necesita para calcular la velocidad media del huracán Ivan durante las 48 horas representadas en esta animación Calcule la velocidad media de Ivan039 durante todo el recorrido de esta animación. Mida el diámetro del huracán Ivan en la rebanada 6 de la animación, poco antes de que llegue a tierra. La velocidad promedio del movimiento hacia adelante del huracán durante este tiempo puede determinarse por la fórmula: Velocidad promedio. Distancia / Tiempo. En este ejemplo, Speed avg. 1044 km / 48 h 21.75 km / h (13.5 mph). Una vez que haya establecido escala para la imagen, puede utilizar un enfoque similar para medir el diámetro de un huracán, o la extensión de cualquier sistema de tormenta. Mediante el uso de la opción de línea recta en la barra de herramientas de ImageJ y el comando Analyze gt Measure, el denso cuerpo circular del huracán Ivan mide más de 730 km, más amplio que el estado de Nuevo México. Aumento de brillo se refiere a una mayor luminancia de las imágenes. El contraste es la separación de las partes más claras y más oscuras de una imagen. Un aumento en el contraste oscurecerá las sombras y aclarará los reflejos. El contraste creciente se utiliza generalmente para hacer los objetos en una imagen más distinguible. Ajuste el brillo y el contraste con Ajustar imagen Brillo / Contraste. Para facilitar la visualización de la imagen. Pulse el botón Auto para aplicar un contraste inteligente a la pantalla de la imagen. El brillo y el contraste se ajustan teniendo en cuenta el histograma de las imágenes. Si se pulsa repetidamente, el botón aumenta el porcentaje de píxeles saturados. El botón Restablecer hace que el máximo 0 y el mínimo 255 en imágenes de 8 bits y el máximo y mínimo igual a los valores de píxeles más pequeños y más grandes en el histograma de imágenes para imágenes de 16 bits. Si el botón Auto no produce un resultado deseable, utilice la herramienta de región de interés (ROI) para seleccionar parte de la celda y algún fondo, luego vuelva a pulsar el botón Auto. El tramo se basará entonces en las intensidades del ROI. Al presionar el botón Aplicar cambia permanentemente los valores reales de gris de la imagen. Si el análisis de la intensidad de la imagen no se presiona este botón. Si prefiere que la imagen se muestre en negro en blanco en lugar de en blanco en negro, utilice el comando invertido: Cuadros de búsqueda de imágenes Invertir LUT. El comando Editar invertir invierte permanentemente los valores de píxeles. Obtención de valores de intensidad desde ROI único Si se trabaja con una pila, el ROI seleccionado se puede analizar con el comando: Pilas de imagen Trazar el perfil del eje Z. Esto genera una sola columna de números - una intensidad de rebanada por fila. Las 6 filas superiores de la columna son detalles del ROI. Esto asegura que el mismo ROI no se analiza dos veces y le permite guardar cualquier ROI interesante. Los detalles están formados por el área, la coordenada x, la coordenada y, la AR, la redondez y la solidez del ROI. Si el ROI es un ROI de polilínea libre, en lugar de un cuadrado, actúa como si el ROI es un cuadrado ovalado. El ROI (oval) se puede restaurar ingresando los detalles solicitados por el comando Editar Selección Restablecer Selección (tecla de acceso rápido: Ctrl Shift E). Los resultados se muestran en una ventana de trazado con los detalles de ROI en el título de la ventana de trazado. El gráfico contiene los botones Lista, Guardar, Copiar. El botón Copiar coloca los datos en el portapapeles para poder pegarlos en una hoja de Excel. Los ajustes para el botón de copia se pueden encontrar en Opciones de edición de perfil de perfil de edición. Los ajustes recomendados son: No guarde valores x (evita que los datos del número de corte se peguen en Excel) y Autoclose para que no tenga que cerrar el gráfico analizado cada vez. Intensidad dinámica vs Análisis de tiempo El complemento Plot Z Axis Profile (este es el Z Profiler de Kevin (Gali) Baler (gliblr en yahoo) y Wayne Rasband simplemente renombrado) monitoreará la intensidad de un ROI en movimiento usando una herramienta de seguimiento de partículas. Esta herramienta puede ser manual o automática. Utilice el comando Image Stacks Plot Z Axis Profile. Obtención de valores de intensidad desde múltiples ROI Puede analizar múltiples ROI a la vez con el complemento Bob Doughertys Multi Measure. La función nativa del gestor de ROI realiza un trabajo similar excepto que no genera los resultados en columnas ordenadas. Visite el sitio web de Bobs para obtener actualizaciones. El complemento Multi Measure que viene con la instalación es v3.2. Abra la serie confocal y elimine el fondo (Ver Corrección de fondo) Genere una pila de referencia para la adición de ROIs. Utilice la función Image Stacks Z-project y seleccione la media. Renombrar esta imagen algo memorable. Abra el complemento Administrador de ROI (Herramientas de análisis de Roi Manager o el icono de la barra de herramientas). Seleccione ROIs y agregue al administrador de ROI. Haga clic en el botón Mostrar todo para evitar el análisis de la misma celda dos veces. Después de seleccionar ROIs para ser analizados en la imagen de referencia, puede dibujarlos a la imagen de referencia haciendo clic en el botón Moregtgt y seleccionando Draw. Guarde la imagen de referencia en la carpeta de datos de los experimentos y, a continuación, haga clic en la pila que desea analizar. Haga clic en el botón Moregtgt en el administrador de ROI y seleccione el botón Multi Measure para medir todos los ROI. Haga clic en Aceptar . Esto colocará los valores de cada segmento en una sola fila con varias columnas por segmento. Al hacer clic en Medir todas las 50 rebanadas, se colocarán todos los valores de todas las rebanadas y cada ROI en una sola columna. Vaya a la ventana Resultados y seleccione el elemento de menú Editar Seleccionar todo. . A continuación, Editar / Copiar. Vaya a Excel y pegue los datos. Compruebe que todo se ha pegado correctamente 10. Para copiar las coordenadas de ROI en la hoja de cálculo de Excel, debe haber una fila vacía encima de los datos de intensidad. Utilice el cuadro de diálogo Medida múltiple y haga clic en el botón Copiar lista. 14. En Excel, haga clic en la celda vacía encima de la primera columna de datos y pegue en las coordenadas de ROI. Guarde los ROI con el botón Multi Measure Guardar. Póngalos en la carpeta de datos experimentales. Los ROI se pueden abrir más tarde individualmente con el botón Abrir o todo a la vez con el botón Abrir todo. Los ROIs rectangulares y ovales se pueden restaurar individualmente de los valores x, y, l, h con el ROI de los complementos. Especificar ROI. mando. La imagen radiométrica compara las grabaciones de dos señales diferentes para ver si hay alguna similitud entre ellas. Se realiza dividiendo un canal por otro canal para producir un tercer canal ratiométrico. Esta técnica es útil porque corrige las fugas de colorantes, la carga de coloración desigual y el fotoblanqueo. Un ejemplo de aplicación sería la medición de iones intracelulares, pH y dinámica de voltaje en tiempo real. La sustracción de fondo es necesaria antes del análisis de las imágenes de relación de doble canal. Véase también la sección de corrección de fondo. El complemento RatioProfiler realizará un análisis ratiométrico de un ROI único en una pila intercalada de doble canal. Las rebanadas impares son imágenes del canal 1 y las rebanadas pares son imágenes del canal 2. Si sus dos canales se abren como pilas separadas, como Zeiss, los dos canales pueden ser entrelazados (mezclados alternando entre ellos) con el comando de menú Plugins Stacks - Shuffling Stack Interleaver. El complemento generará un trazado en verde de los valores de relación. Ch1Ch2 es el valor predeterminado y puede obtener Ch2Ch1 si el complemento se ejecuta con la tecla Alt hacia abajo. También generará una segunda gráfica de las intensidades de los canales individuales, Ch1 y Ch2, así como una tabla de resultados. La primera fila de la tabla de resultados contiene valores para los valores de x, y, anchura y altura del ROI. Desde la segunda fila hacia abajo, la primera columna es el tiempo (número de rebanada), la segunda columna es la intensidad media de Ch1 y el tercer canal es la intensidad media de Ch2 y el valor de la relación. . .
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